İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin, iddianamede "Danıştay saldırısına ve Cumhuriyet Gazetesi'ne patlayıcı madde atmak suçlarına azmettirmenin" bulunduğunu açıklamıştı. Bu yeni gelişme, davanın 'sil baştan' görülmesi ihtimalini doğurdu. Yargıtay, Danıştay'a silahlı saldırı davasının temyiz taleplerini karara bağlarken, "Ergenekon soruşturmasıyla birlikte değerlendirilmeli, eksik inceleme yapılmış" görüşüyle Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararını bozabilecek.

Alparslan Arslan tarafından Danıştay üyelerine 17 Mayıs 2006 tarihinde gerçekleştirilen silahlı saldırı olayının üzerindeki sır perdesi Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki yargılama aşamasında kaldırılamamıştı. Soruşturma sürecinde, Danıştay saldırganı Alparslan Arslan ile Ergenekon soruşturmasında tutuklanan emekli Yüzbaşı Muzaffer Tekin, emekli Yüzbaşı Zekeriya Öztürk ve emekli Tuğgeneral Veli Küçük'ün ilişkisine dair bulgular gündeme gelmişti. Tekin ve Arslan'ın telefon görüşmeleri belirlenmiş, Küçük'ün de Tekin'le benzer görüşmeleri yaptığı ortaya çıkmıştı. Veli Küçük'ün Danıştay saldırısından ağırlaştırılmış müebbet hapse çarptırılan Alparslan Arslan'la ilişkide olduğu iddia edilen bir fotoğraf kafaları karıştırmıştı.

Ümraniye'de ele geçirilen el bombalarıyla ilgili soruşturma genişleyerek Ergenekon iddianamesinin hazırlanmasına yol açtı. Ancak Danıştay'a saldırı davası görülürken, sanık avukatlarının soruşturmanın genişletilmesi talepleri uzun süre reddedildi. Mahkeme, bir süre sonra Ümraniye soruşturmasıyla ilgili belgeleri İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'ndan istedi. Bunun üzerine Ümraniye soruşturmasıyla ilgili 500 sayfalık belge Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. Bu belgeleri inceleyen mahkeme, soruşturmayı daha fazla genişletmeye gerek görmeyerek, saldırıya karışan tetikçilere çeşitli cezalar verdi. Mahkeme, "sanıkların eylemi başörtüsü" için yaptıklarına hükmetti.

Danıştay'a saldırı davasında soruşturmanın genişletilmesi talebinde bulunan bazı sanık avukatları, Ergenekon soruşturmasını yeterince incelemediği gerekçesiyle Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi kararının bozulmasını talep etmişlerdi. Yargıtay'daki temyiz davası sırasında avukatların, bu konuda yerleşik içtihatlarının bulunduğuna dikkat çekmesi bekleniyor. Yargıtay, avukatların talebini yerinde görürse, 'İstanbul Başsavcılığı'nın yürüttüğü Ergenekon soruşturması dosyasının tam incelenmediği, eksik inceleme yapıldığı, iki davanın birlikte değerlendirilmesi gerektiği' gerekçesiyle Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kararını bozabilecek.