Ergenekon İddianamesi'ne göre örgüt MHP yönetimine de el atmak istemiş. iddianameye göre örgütün, Ümit Özdağ'ı MHP genel başkanlığı adaylığını desteklediklerine işaret ediliyor.

İddianamede bu konuyla ilgili şu ifadeler yer aldı:

"Ülkemizde milliyetçi kesimi temsil eden Milliyetçi Hareket Partisi'nin yeniden yapılanması altında Ergenekon Terör Örgütü tarafından yönlendirilebilecek bir pozisyona getirmeye çalıştığı, ülkemizin en köklü ve hassas değerlere sahip partimizin birçok sansasyonel eylemin içine çekmeye çalıştığı, Ümit Özdağ'ın MHP Genel Başkanlığı'na aday olması sağlanarak bu adaylığı üzerinden bazı planların yapıldığı, bu kullanplanlardan bazılarına baktığımızda Ergenekon Terör Örgütü'nün amaçlarının açıkça ortaya çıktığı ve örgüt üyesi Veli Küçük'ün suç örgütü lideri Sedat Peker ile yapmış olduğu telefon görüşmesinde belirttiği gibi Veli Küçük tarafından yapılandırılmak istenen yeni oluşumun ne amaçla yapılmak istendiği ve örgüt üyesi Mehmet Zekeriya Öztürk'e bu amaç doğrultusunda görev verildiğinin net olarak görüldüğü anlaşılmıştır. Yeni oluşum çerçevesinde yapılmak istenenler belgede şu şekilde belirtilmiştir.

Mümkün ise MHP kongresinde kavga ve kargaşa çıkarmak, kongre salonu önünde basının ve halkın izleyeceği arbede çıkarmak.Arbede saatini kongreye katılım tamamlanmadan önceki saate denk getirmek, böylece olayların duyulmasını sağlamak, katılımcıları olumsuz yönde etkileyerek kongre salonuna gelme isteklerini kırmak..."